Recherche hacking sur VM Debian

Bonjour, sur l'une de nos VM, qui héberge quelques sites web, nous avons été alerté par notre hébergeur que celle-ci était victime de hacking, qu'elle était utilisée pour du spam et d'autres tentatives de hack.
Nous souhaitons donc rapidement faire un audit de cette VM pour identifier les potentielles failles, les éventuels hacks et mettre en place des correctifs pour la sécuriser.
Cette VM héberge plusieurs sites sous Apache :
- un site PHP "maison"
- un site sous Joomla
- deux sites sous SPIP
- un site Limesurvey.
Recherchons quelqu'un de compétent pour ce problème de cybersécurité.